“木吉”系柯尔克孜语，意为“火山喷出的泥砂石”。木吉乡地处东经73°26′～74°52′、北纬38°31′～39°29′之间，位于帕米尔高原东麓、阿克陶县西北部，东与布伦口乡、乌恰县膘尔托阔依乡、波斯坦铁列克乡相连。

木吉乡属高原高寒气候，平均海拔3700米，生产生活区海拔3500～4500米，为自治州之最。乡境内大部分地区山峦起伏，沟壑交错，有十几座山脉，近百座山峰，大片冰川，年均气温0.7℃，一月平均气温-12.5℃，七月平均气温11℃。年降水量80～200毫米，年日照时数3796小时，总辐射量135.7千卡/平方厘米。气候活跃，全年大风天气230天。境内有木吉河、喀拉佐克河、马尔坎苏河3支水系。木吉河两岸为大面积的高山草甸草场，水源丰富，草质优良，是木吉乡主要的打草地。境内有雪鸡、雪豹、黄羊、盘羊等珍贵动物；有沙冬青、雪莲等珍稀植物；矿产资源主要有金、铜、石棉、水晶、铁、铝、宝石。